Am 21. Oktober 2001 weihte Bischof Dr. Paul-Werner Scheele ihn in Würzburg zum Diakon. Im Anschluss wirkte Kern, der Studiendirektor an Berufsschulen in Aschaffenburg war, als Diakon mit Zivilberuf in der Aschaffenburger Pfarrei Herz Jesu. Ab 2014 war er in der Pfarreiengemeinschaft „Zum Guten Hirten, Aschaffenburg“ eingesetzt. Seit 2022 ist er zudem zur Mitarbeit im Pastoralen Raum Aschaffenburg beauftragt. Kern ist mit Gemeindereferentin i. R. Gabriele Kern verheiratet, Vater von drei erwachsenen Kindern und Großvater von vier Enkelkindern.
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