Weber wurde in Würzburg geboren, wuchs in Bergtheim auf und studierte in Würzburg und Freiburg Theologie. Am 27. Juni 1981 weihte ihn Bischof Dr. Paul-Werner Scheele im Würzburger Kiliansdom zum Priester. Weber war im Anschluss Kaplan in Miltenberg. 1983 wechselte er als Präfekt an das Würzburger Kilianeum. 1985 trat er als Geistlicher Religionslehrer am Würzburger Riemenschneider-Gymnasium den Schuldienst an. Zusätzlich nahm er von 1985 bis 1993 einen Seelsorgeauftrag für Erlabrunn wahr. 1994 wurde Weber als Vertreter der Priester im Schuldienst in den Priesterrat gewählt. Von 1982 bis 1995 war er zudem Geistlicher Leiter der Schönstatt-Mannesjugend (SMJ) im Bistum Würzburg. 1996 ernannte Bischof Scheele ihn zum Regens des Priesterseminars. In Webers Amtszeit wurde unter anderem das gesamte Priesterseminar saniert. 2007 führte er die Würzburger und Bamberger Priesteramtskandidaten im Würzburger Seminar im Rahmen des gemeinsamen Studienteils der Ausbildung zusammen. In seiner Aufgabe als Regens war er seit 1996 Mitglied des Priesterrats, seit 1997 in der Ökumene-Kommission und der Kommission für Liturgie sowie ab 1999 in der Prüfungskommission für die zweite Dienstprüfung der Kapläne und Pastoralassistenten. 2008 wurde Weber Pfarrer von Rottendorf. 2009 übernahm er auch die Aufgabe des Geistlichen Leiters der Gemeinschaft „Schönstatt/Mädchen – Junge Frauen“ in der Diözese Würzburg. 2014 ernannte Bischof Dr. Friedhelm Hofmann ihn zudem zum nebenamtlichen Diözesanrichter. Im gleichen Jahr wurde Weber zum Sprecher des Priesterrats gewählt. 2015 wurde er außerdem Dekan des Dekanats Würzburg-rechts des Mains. Vom 1. Oktober 2017 bis 28. Februar 2018 übernahm er zusätzlich zu seiner Tätigkeit als Pfarrer von Rottendorf und Dekan mit halber Stelle die Aufgabe des Diözesanreferenten für Priester, die er seit dem 1. März 2018 in Vollzeit ausübt. Weber ist seit 1980 Mitglied des Schönstatt-Instituts Diözesanpriester. Durch den Wechsel Webers in die Gemeindeseelsorge bleibt die sechste Präbende der Domvikare vakant.
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