Am 26. Juni 1971 empfing er die Priesterweihe durch Bischof Heinrich Tenhumberg in Münster. Anschließend war Müller bis 1973 Kaplan in Ahaus/Westfalen. Bis 1977 wirkte er dann als Subsidiar an der Pfarrkirche Sankt Sebastian in Münster und studierte Liturgiewissenschaft. 1977 erwarb er den Doktorgrad in Theologie mit einer Arbeit zum Thema „Laien in der Liturgie. Theologische und pastorale Überlegungen zur Feier der Liturgie nach dem Zweiten Vatikanischen Konzil“. Danach war er bis 1979 Kaplan in Stadtlohn. Bis 1996 wirkte er anschließend als Religionslehrer und Schulseelsorger am Sankt-Pius-Gymnasium in Coesfeld sowie als Subsidiar in verschiedenen Pfarreien in Coesfeld. Am Institut für Diakonat und Pastorale Dienste in Münster gab er Ausbildungskurse. Zudem war er Geistlicher Beirat des Katholischen Kreis-Bildungswerks Coesfeld. Ab 1994 bis 2010 unterrichtete er das Fach Liturgik am Institut für Lehrerfortbildung der Bistümer in Nordrhein-Westfalen. Von 1996 bis 1998 war Müller Pfarrer von Münster-Sankt Martini, von 1998 bis 2001 Pfarrverwalter in Ascheberg. Außerdem wirkte er von 2000 bis 2010 als Religionslehrer und Schulseelsorger am Overberg-Kolleg in Münster, der Schule, an der Weihbischof Ulrich Boom sein Abitur erwarb. 2010 trat Müller in den Ruhestand und zog nach Würzburg. Dort arbeitete er zunächst in den Würzburger Pfarreien Sankt Burkard und Stift Haug mit. Von 2014 bis 2019 hatte Müller einen Seelsorgeauftrag für die Stadt Würzburg inne.
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