Nach dem Theologiestudium weihte ihn Bischof Josef Stangl am 29. Juni 1969 in Würzburg zum Priester. Anschließend wurde Knauer Kooperator in Grettstadt. 1970 kam er als Kaplan nach Marktheidenfeld, wo er auch Dekanatsjugendseelsorger war, 1974 nach Kitzingen-Sankt Johannes. 1975 verlieh ihm der Bischof die Pfarrei Ebern. Dort wurde Knauer 1978 auch Schulbeauftragter des Dekanats, von 1987 bis 1988 war er auch Stellvertreter des Dekans. 1988 wechselte er auf die Pfarrei Sankt Pius in Lohr am Main. Von 1993 bis 1996 war er zugleich Pfarrer von Rechtenbach. 2000 wurde er Pfarrer von Sennfeld und zwei Jahre später auch Präses des Ortsverbands der Katholischen Arbeitnehmer-Bewegung (KAB). Von 2005 bis Oktober 2023 hatte er auch die Aufgabe des Geistlichen Beirats der Berufsgemeinschaft der Pfarrhaushälterinnen inne. Zudem war er Mitglied im Verwaltungsausschuss des Theklawerks. Von 2010 bis zu seiner Versetzung in den Ruhestand im Jahr 2014 war Knauer Pfarrvikar in der Pfarreiengemeinschaft „Sankt Christophorus im Mainbogen“ unter Beibehaltung des Titels „Pfarrer“. Bis 2021 hatte er einen Seelsorgsauftrag für die Pfarreiengemeinschaft „Sankt Christophorus im Mainbogen, Gochsheim“.
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