Er wuchs bis 1945 in Iglau (Tschechien) auf. Nach dem Abitur in Dresden studierte er Theologie und Philosophie in Erfurt. Am 29. Juni 1963 weihte ihn Bischof Dr. Friedrich Maria Rintelen in Magdeburg im Auftrag des Bischöflichen Kommissars von Meiningen zum Priester für Würzburg. Anschließend war Thonhofer zunächst als Kaplan in Saalfeld, ab 1966 in Hildburghausen tätig. 1969 wurde er Kurat in Themar. 1972 erhielt er auch den Titel und Rang eines Pfarrers. Ab 1963 baute er in der DDR die katholische Artisten-, Schausteller- und Zirkusmission auf. Zu den damals zwölf Zirkussen in der DDR hatte er über Jahre hinweg Kontakte geknüpft. Beauftragter für die Zirkusseelsorge im Bereich der Berliner Bischofskonferenz war er von 1977 bis 1985. Danach übernahm er als Pfarrer die Kuratie Ebeleben. Von 2002 bis 2005 war Thonhofer auch Dekan des Dekanats Nordhausen, zuvor war er dort bereits Vizedekan. Die Stadt Ebeleben ernannte ihn anlässlich seines 70. Geburtstags zum Ehrenbürger, das Land Thüringen zeichnete ihn mit dem „Ehrenbrief mit Stern des Freistaats Thüringen“ aus. Anfang 2008 trat Thonhofer in den Ruhestand, war aber weiterhin in Ebeleben und in der Seelsorge für Artisten, Schausteller und Zirkusleute in den neuen Bundesländern aktiv. Seit Jahrzehnten hält er Esel und Alpakas. Thonhofer ist im Verband der Esel- und Mulifreunde in Deutschland engagiert und betreut ehrenamtlich das Deutsche Eselmuseum in Ebeleben. Zudem engagiert er sich in der Versöhnungsarbeit mit Tschechien. Mit dem Prämonstratenserkloster Teplá bei Marienbad steht er seit Jahrzehnten in enger Verbindung.

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