Sobota wurde in Sępólno Krajeńskie (Polen) geboren. Am 29. Mai 1994 wurde er im polnischen Pelplin zum Priester geweiht. Ab 1997 arbeitete er als Priester zur Mithilfe in der Pfarrei Würzburg-Sankt Gertraud. 1998 wurde er jeweils mit halber Stelle als Kaplan für Würzburg-Sankt Gertraud sowie für die Polnische Katholische Mission Würzburg angewiesen. Ab 1999 war Sobota Leiter der Polnischen Katholischen Mission Würzburg. Zudem war er Vorsitzender des Bildungszentrums zur Förderung der polnischen Sprache, Kultur und Tradition und leitete die polnischen Schulen in Würzburg und Schweinfurt. Außerdem organisierte er Jugendaustausche zwischen Polen und Deutschland.
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