Er war von 1972 bis zu seiner Emeritierung 1999 Inhaber des Lehrstuhls für Kirchengeschichte des Mittelalters und der Neuzeit an der Universität Würzburg. Der Träger des Bundesverdienstkreuzes am Bande war international als Mitherausgeber verschiedener wissenschaftlicher Publikationen bekannt, unter anderem des Lexikons für Theologie und Kirche (LThK). Schwerpunkt seiner Forschung waren das Konzil von Trient und die katholischen Erneuerungsbewegungen des 16. Jahrhunderts. Auch in München, wo er seit 2006 seinen Ruhestand verbrachte, widmete er sich diesen Inhalten – neben der Leidenschaft für das Golfspiel.
1932 in Stuttgart geboren, studierte Ganzer in Tübingen Theologie und Philosophie. Die Priesterweihe empfing er 1957 in Rottenburg. In Tübingen wurde er 1962 promoviert. 1966 habilitierte er sich für das Fach Kirchengeschichte des Mittelalters und der Neuzeit. Von 1966 bis 1968 lehrte Ganzer als Universitätsdozent in Tübingen. Vor seinem Wechsel nach Würzburg 1972 war er vier Jahre lang Professor in Trier. Von 1975 bis 1977 war Ganzer in Würzburg auch Dekan der Theologischen Fakultät. Seit 1988 gehörte er der Akademie der Wissenschaften und der Literatur in Mainz an. 1993 wurde er korrespondierendes Mitglied der wissenschaftlichen Gesellschaft in Frankfurt. Bis 1998 war Ganzer Vorsitzender der Arbeitsgemeinschaft der bayerischen Kirchenhistoriker und der Kirchenhistoriker im deutschen Sprachraum. 1998 verlieh ihm Papst Johannes Paul II. den Titel eines Päpstlichen Ehrenprälaten. 1999 zog Ganzer nach Bad Wörishofen um, wo er bis 2006 wohnte. Im Jahr 2000 erhielt er das Bundesverdienstkreuz am Bande. Anlässlich des 70. Geburtstags im Jahr 2002 zeichnete Bischof Dr. Paul-Werner Scheele Ganzer mit der Liborius-Wagner-Plakette aus. Das Requiem für den Verstorbenen wird am Mittwoch, 27. Oktober, um 10.30 Uhr in der Hauskapelle des Alten- und Pflegeheimes Sankt Michael in München, Sankt-Michael-Straße 16, gefeiert Die Beerdigung ist am selben Tag um 13.30 Uhr auf dem Waldfriedhof München, Alter Teil.
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