Nach dem Abitur am Würzburger Riemenschneider-Gymnasium trat er 1947 in das Kloster ein und empfing am 18. Juli 1953 durch Bischof Dr. Julius Döpfner die Priesterweihe. 1955 wurde Göpfert als Missionar in die Abtei Ndanda nach Tansania ausgesandt, wo er bis 2012 wirkte. Vor allem war er in der Pfarrseelsorge in den umliegenden Orten tätig. Unter anderem gründete er die Pfarrei Kilangala am Indischen Ozean und war viele Jahre Pfarrer in Nyangao mit dem angeschlossenen Krankenhaus. Später engagierte er sich stärker im klösterlichen Bereich, unter anderem als geistlicher Begleiter der jungen Mitbrüder in der Abtei Ndanda. Seit 2012 lebt Göpfert wieder im Kloster Münsterschwarzach und engagiert sich von dort aus für die Unterstützung der Mission, vor allem in Mosambik.
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