Seine Kaplansjahre verbrachte Junker in Baunach, Schweinfurt-Heilig Geist, Aschaffenburg-Sankt Agatha und Würzburg-Juliusspital. Ab 1963 übernahm er die Kuratie Bischwind am Raueneck und war zugleich Pfarrverweser von Leuzendorf. Seine erste Pfarrstelle trat Junker 1969 in Niederwerrn an, wo er ab 1973 zusätzlich als Seelsorger von Oberwerrn wirkte. Nach Sulzfeld am Main mit Filiale Marktsteft wechselte er 1976. Im selben Jahr wurde er auch zum Caritaspfarrer des Dekanats Kitzingen ernannt. Dieses Amt behielt er bis 1991. An der Mainschleife wirkte Junker ab 1990, zunächst als Pfarrer in Astheim und Escherndorf sowie Seelsorger von Eichfeld. Von Eichfeld wurde er 1992 entpflichtet. Ab 1993 wurde ihm zusätzlich die Pfarrei Fahr am Main verliehen. Seit 2001 ist Junker im Ruhestand in seinem Heimatort Wiesentheid. Dort hilft er in den Pfarreien Kirchschönbach und Stadelschwarzach in der Seelsorge mit.
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